To, że w modlitwie Jezusowej nie chodzi o mechaniczne powtarzanie, widać również z tego, że musi w niej być miejsce na milczenie. Jest ono tym, o czym rzadko można przeczytać w książkach, ale czego można nauczyć się od ludzi, mających konkretne doświadczenie. W dziele O przywoływaniu Imienia Jezus pewien mnich Kościoła wschodniego, mający dwudziestopięcioletnie doświadczenie tej modlitwy, pisze:

"Kiedy wypowiadamy imię, można to rozciągnąć i przedłużyć na sekundy i minuty cichego pokoju i uwagi. Powtarzanie imienia Jezusa można porównać do uderzenia skrzydeł, dzięki którym ptak wzlatuje w powietrze... Kiedy ptak wzleci tak wysoko, jak chciał, szybuje w locie, a skrzydłami porusza jedynie raz po raz, aby utrzymać się w powietrzu. Kiedy w ten sam sposób dusza doszła do myśli o Jezusie i cała napełnia się pamięcią o Nim, może przerwać powtarzanie Jego imienia i odpoczywać w Panu. Trzeba je tylko znów powtórzyć, kiedy inne myśli grożą wyparciem imienia Jezus. Wtedy powtarzanie trzeba rozpocząć od nowa, aby zaczerpnąć nowych sił".

To dzięki milczeniu modlitwa Jezusa zyskuje głębszy wymiar i staje się prawdziwą modlitwą wewnętrzną. Relacja między milczeniem a słowem odpowiada relacji między Duchem Świętym a Chrystusem (Słowem), "Pożyteczne jest dla was moje odejście" (J 16,7), by zrobić miejsce innej obecności, duchowej, której owocem jest, że "Ja będę trwał w was" (J 15,4). Milczenie jest wewnętrzną stronę każego autentycznego słowa, dlatego też i Słowa Bożego (Chrystusa). Słowo czysto racjonalne jest puste. Logos natomiast, Słowo, jest napełnione milczeniem Ducha Świętego. "Milczenie jest mową przyszłego świata", mówi Izaaka Syryjczyk.