Mistykę św. Jana można streścić w następującym schemacie. Celem doskonałości człowieka jest jego zjednoczenie z Bogiem. Szczytem zaś tego zjednoczenia jest zjednoczenie woli ludzkiej z wolą Bożą tak, by w niej nie było niczego, co by było sprzeczne z wolą Bożą i co by nie prowadziło do tegoż zjednoczenia: aktualnego i habitualnego. Zanim to nastąpi, dusza musi przejść przez noc zmysłów, czyli całkowitego oczyszczenia od wszystkich zmysłowych i niepożądanych pragnień i uczuć. Po niej następuje noc ducha, czyli ogołocenie człowieka z jego "ja", aż dojdzie do tego, o czym mówi św. Paweł Apostoł: "Teraz zaś już nie ja żyję, lecz żyje we mnie Chrystus" (Gal 2,20). Bóg o tyle wypełni nas sobą, o ile my wypróżnimy się z siebie.

A oto jak nam opisał osobowość św. Jana od Krzyża jeden z tych, co go bliżej znali: "Był wzrostu średniego, o wyrazie twarzy nieco śniadej, miłych rysach. Jego rozmowa i obejście było uduchowione (...). Wywierał głębokie wrażenie, tak że wszyscy, którzy zbliżali się do niego, odchodzili zbudowani i zachęceni do cnoty. Posiadał wiedzę i głębokie doświadczenie w sprawach modlitwy i obcowania z Bogiem (...). Był rozmiłowany w skupieniu i powściągliwy w mowie. Śmiał się rzadko i z wielkim umiarem. Kiedy karcił jako przełożony, a czynił to często, z miłą surowością, napominając jak miłujący ojciec z przedziwną pogodą i powagą". Św. Jan od Krzyża miał także wybitne zdolności plastyczne. Umiał rysunkiem, poglądowo, wizualnie przedstawić nawet bardzo skomplikowane drogi mistyki. Chyba to jedyny wypadek w dziejach mistyki katolickiej.